La UBE, tiene sus orígenes en la visión y experiencia con la educación superior en el país, de los gestores, educadores y hermanos PhD´s Elena y Roberto Tolozano, también fundadores del Instituto Superior Tecnológico Bolivariano de Tecnología (ITB) que opera en Guayaquil Ecuador desde el año 1996. 25 años de experiencia en la formación académica y profesional en el ITB constituyen la base para la creación de la nueva Universidad.
El proyecto de creación de la UBE abarca alrededor de ocho años de trabajo de un equipo gestor formado por profesionales de alto nivel, académicos, pedagogos y administradores educativos quienes desarrollaron el proyecto de creación de la universidad a fin de cumplir con los requisitos e informes de pertinencia y conclusivo de parte del Consejo de Educación Superior, del Consejo de Aseguramiento de la Calidad de la Educación Superior (Caces) y de la Secretaría Técnica de Planificación, tal como lo dispone la Constitución y la Ley Orgánica de Educación Superior (LOES) previos a la aprobación de la creación de la universidad por parte de la Asamblea Nacional del Ecuador
La UBE entró en funcionamiento oficial a partir de la publicación de la Ley de Creación en el Registro Oficial - Quinto Suplemento Nº 452 el día viernes 14 de mayo de 2021. Durante los meses de junio a diciembre de 2021 presentó los proyectos de carreras iniciales al Consejo de Educación Superior. El inicio de actividades académicas se concreta con el primer periodo del año 2022, así como las acciones relacionadas al aseguramiento de la calidad como lo son: la propuesta y desarrollo de procesos de autoevaluación basados en el Modelo EFQM y la definición de planes de mejora para el logro de los objetivos del Plan Estratégico de Desarrollo Institucional (PEDI).
El proyecto contempló inicialmente una oferta de tercer nivel con licenciaturas en Enfermería; Terapia Física y Rehabilitación; Auditoría y Control de Gestión; en Seguridad y Salud Ocupacional; Odontología e ingeniería en Biomedicina. La oferta académica integró carreras de las más demandadas y de mayor interés e importancia entre las profesiones del futuro con enfoque en el desarrollo socioeconómico y cultural de la zona de influencia y la perspectiva de programas de posgrado. La UBE pretende extenderse desde el cantón Durán, por las zonas de planificación 5 y 8 y generar acciones de alcance nacional, para lograr la transformación de las políticas públicas y universitarias, la investigación científica y tecnológica y contribuir a fomentar los cimientos de la sociedad ecuatoriano-global del conocimiento.
Paralelamente amplía la oferta académica con la inclusión de programas de cuarto nivel, enfocada en el área de las ciencias de la educación y las ciencias pedagógicas, la UBE desarrolló inicialmente 5 programas de maestrías en esta área de conocimiento las cuales fueron aprobadas por el ente de control para impartirse a partir del año 2022. Estos 5 programas de maestrías modalidad online e híbrida: Maestrías en Educación Básica; Educación con mención en Pedagogía en Entornos Digitales; Pedagogía con mención en Formación Técnica y Profesional y Pedagogía del Inglés como Lengua Extranjera, dictadas de forma online. Mientras que la maestría en Pedagogía de la Cultura Física con mención en Educación Física Inclusiva será dictada de forma híbrida.